一、首先动画中各个案件的顺序与漫画原作中的顺序有很大的区别，也存在部分情节的添加、删减与变更，并且增加了动画原创故事。
二、部分人物在动画中的登场时间也有所改变，如少年侦探团的成员们在动画第1集便登场，铃木园子的登场时间也被提早。但也造成了矛盾：第1集中光彦等人见过新一，到了第192集中却说不认识新一。
三、动画前期的每集标题几乎都是以“××事件”的形式出现，第140集左右开始便很少再使用这种标题。
四、动画最初期因为“低龄化”的定位，制作组在动画中将黑社会性质的黑衣组织进行了屏蔽，修改了第5集《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中相关情节，但却造成后面的情节无法自圆其说：
1、漫画“新干线事件”中里出现了琴酒和伏特加，柯南通过窃听得知二人的代号。[1] 但动画第5集中改成了与组织毫不相干的两人——因此“得知二人代号”变为第52集《雾天狗传说杀人事件》片头柯南在独白中提及自己已经得知两人的代号，但是具体通过何种途径则不得而知；
2、漫画“寻亲事件”中化名为“广田雅美”的宫野明美最后被琴酒和伏特加揭穿身份，并被二人暗杀。[2] 动画第13集中暗杀者改成了冲田，“广田雅美”的结局也变为被警方逮捕——由于与灰原哀登场有关的明美之死的剧情与后文无法衔接，于是动画制作组就在灰原哀登场篇之前制作了第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》，在此集中补完了明美之死的剧情，但仍然造成了剧情漏洞，即“在动画中宫野明美登场两次并抢了两次银行”。并且由于明美之死在动画中被改编，所以漫画中相关的灰原登场的情节也被延后（明美在漫画第2卷登场，灰原则在漫画第18卷才登场）。作者青山刚昌便创作出了服部平次这一角色，来替代无法登场的灰原作为柯南的对手。[3]
考虑到剧情关联性的因素，动画中后期关于黑衣组织的情节也不再避讳。
动画第86集《诱拐现场特定事件》、113集《白色海滩杀人事件》改编自《名侦探柯南》漫画特别篇，并非改编自漫画原作。
动画第219集《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》的第一个故事“钟楼对决”改编自《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇 ，并非改编自《名侦探柯南》漫画，这是《柯南》动画正集中唯一一篇改编自其他漫画作品的故事。此举导致动画中正面描写了黑羽快斗（第二代怪盗基德真实身份）等人的日常生活，实际上《柯南》漫画中从未正面描写第二代怪盗基德真实身份就是黑羽快斗，只点明第一代怪盗基德是黑羽盗一。
漫画Vol.57 File.8《逃亡者》未改编为正式TV版情节，仅和OP 23中的故事相似，后改编为M 18公映纪念SP《逃亡者 毛利小五郎》（NOTTV手机电视台播出）和2015新年SP《谨贺新年·毛利小五郎》。
因为涉及版权问题，漫画“口哨男连续杀人案”中犯人所吹的披头士乐队《Let it be》的名字，在动画533~535集台词中被完全隐去。
注意：动画第585集中，出现了“二学期”字样，表示柯南已经升入一年级第二学期（注意不是二年级。而且日本的学校一年有三个学期）。漫画中至今未出现过类似情节和叙述。
考虑到观看动画的主体是未成年人，动画中死者的血液均改为黑色而非红色。在中后期部分动画中，将死者的眼睛由原作中的睁着改为闭着，不会对死者面部进行特写，之前还有尖叫警告，“尸体”一词也改用比较中性的“遗体”一词来代替。（前期部分集数已出现此现象，但后期更普遍。）
动画中也修改了部分不恰当的“裙底走光”描写，“色情男”被改称“浮气男”，在第230集中也删掉了漫画中暗示琴酒与贝尔摩德有过肉体关系的暧昧对话。
动画第622集《紧急事态252（前篇）》中，考虑到“3·11”震灾中民众的心情问题，动画制作组也删除了原作中关于地震的描写。
ps：目前柯南更新到 778 消失在海市蜃楼中的天使（动画原创）
779 绯色的序章（2015年5月30日播出）B/F
780 绯色的追寻（2015年6月6日播出）B/F（这是联系主线的篇章，我也在在线等）
剧场版不是原创哦，TV版有些也不是原创，不过青山有参与的，剧场版有些也很经典，建议都看看。望采纳，谢谢！
名侦探柯南全部的剧场版,按顺序来（一）1997年——《名侦探柯南剧场版》之计时引爆摩天楼 （二）1998年——《名侦探柯南剧场版》之第十四个目标 （三）1999年——《名侦探柯南剧场版》之世纪末的魔术师 （四）2000年——《名侦探柯南剧场版》之瞳孔中的暗杀者 （五）2001年——《名侦探柯南剧场版》之通往天国的倒计时 （六）...
...给我推荐几集《名侦探柯南》好看的集数,剧场版也行谢谢大家了。_百...推荐一下我特别喜欢的特别篇：345满月之夜的双重迷案，这个是运用双重化妆解决疑难案件并且与黑衣组织周旋的故事哦，很精彩。304震动警视厅 1200万人质，这个讲了佐藤的初恋以及相似困境里柯南出色的化险为夷手段哦，最后还有柯南关于小兰的煽情话。。。然后就是几个系列的，都很不错哦：491-504红与黑的...
名侦探柯南剧场版有哪些?该片主要讲述的是在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人受邀来到奇迹乐园，没想到却掉入神秘男子所设下的陷阱。4、《天空的遇难船》《名侦探柯南：天空的遇难船》是2010年4月17日首映的日本动画电影。该片是日本动画片《名侦探柯南》的第14部剧场版，由山本泰一郎执导，高山南、山崎和佳奈等人担任...
名侦探柯南剧场版都有哪些 啊迷宫的十字路口》和2004年的《银翼的魔术师》等。直到2013年，名侦探柯南系列剧场版持续推出，如《绝海的侦探 - 樱井武晴》等。这些作品不仅在视觉和剧情上给观众留下了深刻印象，票房成绩也体现了系列的极高人气。从评分和票房数据可以看出，名侦探柯南剧场版在粉丝和观众中持续受到热烈欢迎。
柯南剧场版的顺序1、影片名称：《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》，首映时间：1997年4月19日 2、影片名称：《名侦探柯南：第14个目标》，首映时间：1998年4月18日 3、影片名称：《名侦探柯南：世纪末的魔术师》，首映时间：1999年4月17日 4、影片名称：《名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者》，首映时间：2000年4月22日 5...
怪盗基德出场的集数。怪盗基德在《名侦探柯南》中的精彩亮相和冒险故事数不胜数。以下是他在动画、剧场版和特别篇中的出场集数:电视动画中：076话《柯南VS怪盗基德》、132-134话《魔术爱好者杀人事件》系列、134话之后的《魔术爱好者杀人事件》解决篇、219话《名侦探大集合》、356话《奇异的空中步行》、394-396话《奇异...
名柯剧场版全部顺序23. 《名侦探柯南：绀青之拳》24. 《名侦探柯南：绯色的子弹》这些剧场版电影是根据日本漫画《名侦探柯南》改编的系列动画电影，由东宝株式会社负责制作。从1997年开始，每年都会推出一部新的剧场版电影，与电视动画系列相呼应，但又拥有独立的剧情和案件。每部剧场版电影都以柯南为主角，讲述了他在解决...
柯南二连发～所有剧场版的顺序!满满干货!《名侦探柯南》系列的剧场版，以其独特的故事情节、精妙的推理过程、丰富的人物形象和扣人心弦的剧情，成为了动画界的一颗璀璨明珠，吸引了无数粉丝的关注与喜爱。每一部剧场版都不仅仅是案件的解决，更是对智慧、勇气和友情的颂扬，让观众在欣赏精彩故事的同时，也能够感受到其中蕴含的深刻意义。
柯南的所有剧场版?请按时间排序。剧场版在每年四月份都会推出一部，现在已出的剧场版有：《引爆摩天楼》、《第十四个目标》、《世纪末的魔术师》、《瞳孔中的暗杀者》、《通往天国的倒计时》、《贝克街的亡灵》、《迷宫的十字路口》、《银翼的魔术师》、《水平线上的阴谋》、《侦探们的安魂曲》、《深蓝色的海盗旗》、《战栗的乐谱...
名侦探柯南哪些集数是有剧场版的?第646集《幽灵旅馆的推理对决》（前篇）第647集《幽灵旅馆的推理对决》（后篇）第648集《侦探事务所受困事件》（爆发）第649集《侦探事务所受困事件》（狙击）第650集《侦探事务所受困事件》（解放）第651集《柯南VS平次集东西侦探推理对决》第652集《毒与幻的设计》（EYE）第656集《博士的视频网站...
土默特右旗说：
柯南的剧场版和TV版各自都出到第几部了?
天津回复： 柯南剧场版(MO): 第一部:1997 引爆摩天楼 (时计じかけの摩天楼) 1997/04/23 第二部:1998 第十四个目标 (14番目の标的) 1998/04/15 第三部:1999 世纪末的魔术师 (世纪末の魔术师) 1999/04/14 第四部:2000 瞳孔中的暗杀者 ...
土默特右旗说：
名侦探柯南剧场版一共有多少部?每部的名字是什么? -
天津回复： 十四部哦 01 1997 《引爆摩天大楼》 02 1998 《十四番的目标》 03 1999 《世纪末的魔术师》 04 2000 《瞳孔中的暗杀者》 05 2001 《通向天国的倒计时》 06 2002 《贝克街的亡灵》 07 2003《迷宫的十字路》08 2004 《银翼的魔术师》 09 ZARD 2005 《水平线上的阴谋》 10 2006 《侦探们的安魂曲》 11 2007《蔚蓝的灵柩》 12 2008 《战栗的总谱》13 2009《漆黒の追迹者》14 2010《天空的遇难船》(4月14日发售)
土默特右旗说：
《名侦探柯南》剧场版一共多少集?那集较好看? -
天津回复： 13个 分别是 名侦探柯南剧场版1 引爆摩天楼 名侦探柯南剧场版2 第十四个目标 名侦探柯南剧场版3 世纪末的魔术师 名侦探柯南剧场版4 瞳孔中的暗杀者 名侦探柯南剧场版5 通往天国的倒计时 名侦探柯南剧场版6 贝克大街的亡灵 名侦探柯南剧场版7 迷宫的十字路口 名侦探柯南剧场版8 银翼的魔术师 名侦探柯南剧场版9 水平线上的阴谋 名侦探柯南剧场版10 侦探们的镇魂歌 名侦探柯南剧场版11 绀碧之棺 名侦探柯南剧场版12 战粟的乐谱 名侦探柯南剧场版13 漆黑的追迹者 关于基德的有 《世纪末的魔术师》 《银翼的魔术师》 《侦探们的安魂曲>> 个人比较喜欢<<贝克街的亡灵>>啦~
土默特右旗说：
名侦探柯南剧场版电影一共是多少部?名字分别是? -
天津回复： 现在为止为14部计时引爆摩天大楼》、《十四番目标》、《世纪末的魔术师》、《瞳孔中的暗杀者》、《通往天国的倒计时》、《贝克街的亡灵》、《迷宫的十字路口》、《银翼的魔术师》、《水平线上的阴谋》、《侦探们的镇魂歌》、《绀碧之棺》、《战栗的乐谱》、《漆黑的追迹者》、《天空的遇难船》. 第15部正在出,名字为《沉默的十五分钟》
土默特右旗说：
《名侦探柯南》共有多少个剧场版?分别是什么? -
天津回复： 第一部:1997 引爆摩天楼 (时计じかけの摩天楼) 1997/04/23 最后十分感人 情节也很紧张 第二部:1998 第十四个目标 (14番目の标的) 1998/04/15 亮点不多 第三部:1999 世纪末的魔术师 (世纪末の魔术师) 1999/04/14 也是十分温馨的...
土默特右旗说：
柯南14部剧场版是什么个情况?麻烦介绍介绍... -
天津回复： 日本著名推理动漫《名侦探柯南》的剧场版第十四部,将于2010年4月17日(星期六)在日本上映.之前广为流传的名称有《迷雾中的狙击手》,但最终确定下来的是《天空的遇难船》(天空の难破船). 【新闻速递】 名探侦柯南M14天空的...
土默特右旗说：
柯南的剧场版分别是什么名字 -
天津回复： 1997/04/23 剧场版1:引爆摩天楼(时计じかけの摩天楼 A Clockwork Skyscraper) 1998/04/15 剧场版2:第十四番目的(14番目の目标 The Fourteenth Target) 1999/04/14 剧场版3:世纪末的魔术师(世纪末の魔术师 Last Wizard of the ...
土默特右旗说：
柯南剧场版的动画片都有哪些? -
天津回复： 01 引爆摩天楼 1997/04/23 日文名:时计じかけの摩天楼 英文名:TheTimed-BombSkyscraper 02 第十四个目标 1998/04/15 日文名:14番目の标的 英...
土默特右旗说：
柯南剧场版一共多少部?分别叫什么?在哪里可以下载? -
天津回复： 名侦探柯南剧场版1--引爆摩天楼 名侦探柯南剧场版2--14番目之标的 名侦探柯南剧场版3--世纪末的魔术师 名侦探柯南剧场版4--瞳孔中的暗杀者 名侦探柯南剧场版5--朝向天国的倒数计时 名侦探柯南剧场版6--贝克街的亡魂 名侦探柯南剧场版7--迷...
土默特右旗说：
名侦探柯南 -
天津回复： 漆黑的追踪者 【电影解说】 すべての発端はヤツらと出会ったコト・・・ 所有的开端都是因为和他们相遇… 因縁の\ずくめの男达と宿命の対决!!! 因缘的黑衣男子和宿命的对决 《漆黑的追踪者》(漆\の追迹者)是名侦探柯南系列剧场版的...